Las funciones de la Unidad de Auditoría Interna son:
Formular y ejecutar el plan de auditoría interna de la Superintendencia, asegurando el cumplimiento de los objetivos gubernamentales y sectoriales, evaluando el grado de economía, eficiencia, eficacia y equidad con que se utilizan los recursos humanos, financieros y materiales. Evaluar en forma permanente el sistema de control interno de la Superintendencia y efectuar las recomendaciones para su mejoramiento. Efectuar el seguimiento de los compromisos establecidos por las Divisiones y Unidades de la Superintendencia. Promover la adopción de mecanismos de autocontrol en las unidades operativas de la organización. Asesorar en materias de auditoría al Superintendente/a proponiendo políticas, planes y medidas de control para fortalecer la gestión de los recursos asignados a la institución. Demás funciones que sean asignadas por el Superintendente.